由于蔬菜棚内生态环境较为特殊，一年四季都很适宜各种病虫害的发生。要有效地防治病虫害，培育生产出优质的无公害绿色蔬菜，就必须科学，正确地使用农药。
1.正确选药。每种农药都有一定的防治范围和防治对象。所以在使用前要了解每种农药的性能和使用方法，根据棚内病虫发生特点和对象正确选择农药，做到有的放矢。
2.适时用药。根据病虫害发生规律，应在病虫害发生初期施药。考虑到棚内温暖潮湿的环境，不宜在阴雨天或温度高的情况下喷药，以防止棚内湿度过高的情况下喷药，降低药效。同时也不要在高温条件下，使用硫制剂防治瓜类及蔬菜病害，以免发生药害。
3.轮换用药。要依据不同类型，不同作用机制的农药交替使用。各种农药的作用机制不同，如果注意轮换作用，就可避免或延缓病虫害抗药性的产生。
4.用药。在蔬菜生产中应选用高效、低毒、低残留的农药品种，切忌随意增加药液浓度，用药次数不能过多，严格按间隔期用药，以防止蔬菜出现药害。同时要严格禁止在蔬菜上使用高毒、剧毒农药，提倡使用生物农药，生产无公害蔬菜，消费者的身体健康。